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巴楚，是巴尔楚克的简称。维吾尔语称作玛热勒巴什，旧有玛喇巴什、毛拉巴什等不同译名，意为鹿首。

汉代为西域尉头国地。三国、北魏时属龟兹。隋时属疏勒。唐代为安西都护府下属的尉头州。元代属别失八里行尚书省。明代属东察合台汗国，后属准噶尔。乾隆年间设军台，称巴尔楚克台，为叶尔羌到阿克苏十六军台之一。道光十二年（1832年）筑玛拉巴什城。民国二年（1913年）改设巴楚县，属喀什噶尔道。建国后先后属喀什专区、南疆行政区。

巴楚县有卡拉姆达尔拜克古墓、唐王城、沙呆提拜克古墓、图木舒克化石群、泽梯木烽火台、琼梯木烽火台、唐代谒者馆遗址、克克勒玛佛教遗址、图木舒克佛教遗址、夏河姑娘坟、恰尔巴格麻扎等历史古迹。