相传释迦牟尼就是在摩诃菩提寺后面的大菩提树下得道成佛的，后孔雀王朝阿育王下令在树下铸金刚宝座以兴佛法。因年代久远菩提树早已不见踪影，现在看到的菩提树为后人从斯里兰卡迎请回来的母树支系。
佛塔内供奉着世上仅存的三尊佛陀等身佛像中的一尊。此等身像有一说是佛祖25岁等身，也有一说法是35岁。
另外两尊分别供奉在西藏大昭寺和小昭寺印度菩提伽耶摩诃菩提寺