【时光回流】梵蒂冈博物馆更为人所知的则是西斯廷小堂米开朗琪罗的伟大壁画等文艺复兴收藏，只可惜西斯廷小堂不允许拍照，只能在记忆中感叹这个四面都是伟大画作的方形大厅，或许不让拍照是为了维持这个教皇选举所在圣地的威严，这里只好选博物馆中现代艺术展厅的一幅根据《创造亚当》再创作版画来替代。
按游览路线如果不走捷径，前往西斯廷小堂前，会从一处悬置的小路绕过不对公众开放的尼古拉小堂，直接通向著名的拉斐尔房间。拉斐尔房间是四间有拉斐尔及其工作室绘制壁画和天穹的房间，其中最出名的就是《雅典学院》，除了显眼的柏拉图等，别忘了在右侧寻找画家的自画像。
西斯廷小堂有出口直接通向圣彼得大教堂，也可以从另一个小一点的出口继续参观博物馆。走出西斯廷小堂会经过教皇图书馆展区，这里珍藏着天主教传播早期的生活物品和装饰品，刻画出天主教的历史脉络。
画廊靠近博物馆出口处，这是一处容易被忽略的展厅，收藏有早期祭坛画到文艺复兴的和宗教相关的绘画和雕塑作品，其中包括拉斐尔和达芬奇的画作。画廊的核心作品是拉斐尔的最后一幅作品《耶稣显圣》，拉斐尔的作品和讲述圣经故事的挂毯布置在一起，这些珍贵的挂毯来自比利时的手工作坊，另外博物馆也有专门的挂毯展厅。
博物馆还设有教皇马车展厅，包括后来的白色座驾，以及约翰保罗二世遇刺时的轿车。其他重要的展厅还有地图长廊、埃及展厅、烛光长廊等。博物馆出口处的螺旋楼梯也是一处热门拍照处。
博物馆的“掌钥人”每天负责各展厅的数百把钥匙和门锁，博物馆提供“开场门票”跟随这些“掌钥人”在清晨6点打开一扇扇门、点亮一盏盏灯，只是票价昂贵，不过可以在快要离馆时看到他们身影。
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