纳戈尔诺-卡拉巴赫自1987年开始，纳戈尔诺-卡拉巴赫自治州的民族主义运动强化起来，以不同方式要求将该自治州归还亚美尼亚管辖由于此使亚美尼亚和阿塞拜疆两国、两族之间的关系也紧张起来。
1988年2月至1994年5月之间，纳-卡战争爆发。
3万人在冲突中丧生，多达23万阿塞拜疆的亚美尼亚人和80万亚美尼亚和卡拉巴赫的阿塞拜疆人由于冲突流离失所。
在战争进行中，阿塞拜疆尝试制止纳戈尔诺-卡拉巴赫的分裂主义运动同为苏联加盟共和国的亚美尼亚和阿塞拜疆都陷入了旷日持久而又未正式宣战的卡拉巴赫山地战中。
当地议会投票赞成与阿塞拜疆统一，但是卡拉巴赫大多数人口在全民公决中投票赞成独立。
与亚美尼亚统一的要求在1980年代后期变得日益强烈运动开始时进行相对平和但是在之后的几个月中，随着苏联解体趋势日益明显逐渐成为两民族之间不断升级的暴力冲突双方互相指责对方进行种族清洗。
1988年2月20日，阿塞拜疆自治州纳戈尔诺-卡拉巴赫议会投票决定本地区与亚美尼亚统一。
1989年11月29日，苏联中央政府对纳戈尔诺-卡拉巴赫的直辖统治结束该地区回归到阿塞拜疆的治理下，亚美尼亚最高苏维埃与纳戈尔诺-卡拉巴赫议会宣布纳戈尔诺-卡拉巴赫与亚美尼亚统一。