海之教堂运用了与水御堂同样的空间模式，将教堂造在水池之下。安藤忠雄沿用了“光之教堂“清水混凝土上的挖空十字架的方法，只是这次十字架是玻璃的，而且是安放在天花板之上，这样让光线透过薄薄的一层海水再透过玻璃从天而降，营造出一种圣神的宗教氛围。
出来沿楼梯直上可以到达屋顶水池，并仰望教堂的钟塔。
屋顶上是百万贝壳铺成的水池海之教堂