14世纪初，由于东部和东方贸易的路线转移，雷根斯堡开始经济衰退，局势动荡。加上胡斯战争的战火蔓延，雷根斯堡失去了不止一个市场。与此同时，纽伦堡和奥格斯堡的繁荣，分走了雷根斯堡与意大利和威尼斯的贸易。资本外流，恶化开始滚雪球。

然后便是宗教改革时期的沉寂。之前不止一次提到，帝国城市多是信奉新教的，但无论作为皇城，主教驻地，或者包裹着城市的巴伐利亚公国都不约而同地在宗教政策上对雷根斯堡施以压力。所以城市并没能站在改革运动的前沿。

而在三十年战争的第二阶段，帝国军队总司令华伦斯坦被免职召回，瑞典国王古斯塔夫二世来势汹汹，巴伐利亚军事形势急剧恶化，雷根斯堡成为双方争夺的焦点，被来回践踏。终于在1634年由帝国和巴伐利亚联军夺回。

雷根斯堡在东法兰克帝国时代就已经是一个重要的政治中心。虽然帝国议会以前不定期在各个城市举行，但1594年起，它只在雷根斯堡举行，尤其在1663年以后，议会不再解散，被称为永久国会（Immerwährende Reichstag）。永久国会的最后一届于1803年3月开始，通过了最后一批决议，多数修道院开始世俗化，而雷根斯堡也成为了独立公国。1806年，莱茵邦联各州在会上退出神罗。
但最终在法军压力下，雷根斯堡大主教不得不将公国割让给法国的盟友巴伐利亚王国。自此雷根斯堡失去了它的政治意义和地位，不过经济废弛，自治也全无可能。

在巴伐利亚王国，虽然雷根斯堡也开始了它的重建和发展，但相较于慕尼黑、纽伦堡、奥格斯堡实在缓慢！当然换一个角度也可以是，传统的重要性在这座古老而宁静的城市得到了重视。

雷根斯堡负责任的旅行这个地方有点浪漫