离开金银岛，下一站来到位于深澳镇的总镇府。
总镇府的全称是闽粤南澳总镇府旧址，景区方方正正，主体建筑是一座帅堂，前方设门房，和两侧的厢房围成一个天井，门外是一个小广场，大门两旁有两棵高大的榕树。
广场中间立有一座石碑，上刻“闽粤界”三字，下方还有“闽粤南澳城内公署示意图”。图中显示当年以贵丁街为界，镇府居于正中，驻兵分左右二营。左营由福建派驻称福营，右营由广东派驻称广营。
古时的东南沿海防备松懈，匪盗横行，饱受红夷倭寇的侵扰，红夷是明朝时对荷兰入侵者的蔑称。海盗吴平被戚继光和俞大猷的联军剿灭后，朝廷也认识到在南澳设防的重要性。
因南澳岛处在闽粤交界处，两省水师常以乱情不在其辖区而相互推诿。明万历三年（1575），皇帝下令置“闽粤南澳镇”，设副总兵官一员，辖左右营，兼领福建南路和广东东路水师，受福建漳州和广东潮州总兵节制，负责闽南粤东海面军务。
清康熙二十四年（1685），南澳镇升设总兵，受两省水师提督管辖。同时，左营开始轮流参与守卫台湾、澎湖、淡水，三年一班，历时二百余年。
闽粤南澳镇设立后，云澳、青澳的民事由漳州府诏安县管辖，深澳、隆澳的民事由潮州府饶平县管辖。从地图上看，云澳和青澳位于岛的东部，深澳和隆澳位于岛的西部，所谓“闽粤界”正是由此而来。
民国初（1912）南澳废镇改县，深澳仍为南澳的行政中心，直到1927年，县政府移至后宅镇。1918年的一场7.25级大地震，则摧毁了总镇府的历史痕迹。虽然遗址上的建筑都为后人重建，但却让每一位到访者知道，中华民族能生生不息，是多么的不易。向往的世界负责任的旅行线路推荐南澳岛