能仁寺位于渝中区中华路92号，是重庆市规模较大的尼众寺庙，始建于明代，原名“三教堂”。能仁寺古时为海云寺，清光绪十二年（1886）《重庆府治全图》上，现中华路当年叫杨柳街，在今能仁寺位置上，标注为三教堂。上世纪二十年代，才改名能仁寺。
该寺有大雄宝殿、观音殿、地藏殿、禅堂、念佛堂等建筑。大雄宝殿内塑有三尊佛像，中为释迦牟尼佛，左为药师佛，右为阿弥陀佛，两侧塑有十八罗汉。观音殿内塑有千手千眼观世音菩萨像。地藏殿内塑有地藏菩萨像。
能仁寺有四重殿宇，依次是书驮殿、观音殿、祖堂、禅堂。1926年，能亮住持时改子孙庙为十方丛林。解放前，该寺常住尼众10余人，信教徒众多，常年香火不断。文革浩劫后，由政府出面归还寺庙，并拨款9万元，该寺自酬资金18万元，将几大殿堂修葺一新，1983年恢复开放。